Pada awal dekade 1960-an, belum ada jemaat GPIB dikawasan Tanjung Perak Surabaya. Warga jemaat yang ada bergereja atau menjadi warga jemaat GPIB Jemaat "PNIEL" Surabaya. Persekutuan warga jemaat di lingkungan Tanjung Perak mulai terbentuk melalui koordinasi Sdr. Gantume yang berusaha mengajak warga beragama Kristen disekitar kompleks Jl. Ikan Bandeng, Jl. Ikan Dorang, Jl. Ikan Sumbal dan Jl. Ikan Cumi-Cumi untuk beribadah bersama. Ibadah pertama dimulai pada 7 Juli 1963, bertempat dirumah keluarga H.E. Tatencohan, Jl. Ikan Dorang No. 34 Surabaya. Selanjutnya ibadah berpindah-pindah tempat ke rumah warga yang bersedia ketempatan. Ibadah rutin tersebut dipimpin bergantian oleh Pdt. J.W. Porawouw (dari TNI‐AL) dan Sdr. Gantume. Melihat perkembangan yang terjadi dari pertemuan-pertemuan ibadah bersama tersebut, timbul gagasan dari Pdt. J.W. Porawouw untuk mendirikan sebuah gedung gereja bagi warga yang berdomisili di Tanjung Perak.

Tahun 1963 terbentuklah Panitia Pembangunan Rumah Ibadah (gedung gereja) dengan susunan pengurus sbb: Ketua : Pdt. J.W. Porawouw , Ketua I : Bpk. Joppy Pesik, Ketua II : Bpk. Sarens, Sekretaris : Bpk. J.H.Pattiwael , Bendahara : Bpk. Nender, Pembantu : Bpk.H.E.Tatencohan, Bpk. Max Bentelu, Bpk. Bert Sumual dan Bpk. Leo Mantik. Panitia ini menemui Komodor Laut Sahiran selaku Penguasa Pelabuhan Tanjung Perak Surabaya dengan maksud mengajukan permohonan untuk mendapatkan sebidang tanah bagi pembangunan rumah ibadah. Permohonan ini disetujui dengan lokasi tanah di Jl. Teluk Bayur, diseberang dari rumah keluarga Paulus. Dilaksanakanlah ibadah upacara peletakan batu pertama yang diletakkan oleh Pdt. J.W. Porawouw dan ibadah dipimpin oleh Pdt. Souhoka dari GPIB Jemaat "Immanuel" Surabaya. Pekerjaan pembangunan fisik itu dapat berlangsung (sempat naik dinding) atas biaya yang diperoleh dari bantuan sumbangan dari warga jemaat.

Disaat Panitia Pembangunan sedang giat-giatnya melaksanakan usaha pembangunan gedung gereja, Majelis Sinode IX GPIB menerbitkan Surat Keputusan tanggal 21 September 1969 yang salah satu isinya adalah: Komunitas warga GPIB yang tadinya bergabung sebagai Jemaat "Perak Ujung" dipisah menjadi GPIB Jemaat "Galilea-Ujung" dan Bagian Jemaat "Perak". Pelembagaan Bagian Jemaat "Perak" inilah yang kelak menjadi GPIB Jemaat "Bahtera Hayat". Sejalan dengan pelaksanaan otonomisasi, bagian jemaat "Perak" ini terkena imbasnya dan akhirnya terbagi dua kelompok. Yaitu kelompok yang loyal kepada Majelis Sinode GPIB dan kelompok yang menolak otonomisasi yang menamakan dirinya sebagai Jemaat GPIB "Perjuangan". Kelompok jemaat yang loyal kepada Majelis Sinode GPIB menjadi jemaat GPIB "Bahtera Hayat". Sedang kelompok jemaat GPIB "Perjuangan" memisahkan diri dari GPIB dan bergabung dengan Gereja Kristen Protestan Injili Indonesia (GKPII) yang berpusat dikota Semarang. Di Surabaya, jemaat GKPII ini mendirikan rumah ibadah sendiri di Jl. Teluk Buli dengan nama GKPII Jemaat "Mahanaim".

Selanjutnya diteguhkanlah sejumlah majelis jemaat GPIB "Tanjung Perak" dengan Pdt. J.W.Porawouw sebagai ketua majelis jemaat. Langkah awal berusaha untuk segera mewujudkan adanya suatu bangunan Rumah Ibadah sendiri. Diadakanlah penyempurnaan susunan panitia pembangunan dengan komposisi sebagai berikut : Ketua Umum : Kol. Laut J.H.Salu, Ketua I : Bpk. Joppy Pesik, Ketua II : Bpk. Sarens, Sekretaris : Bpk. J.H. Pattiwael, Bendahara : Bpk. Pangemanan, Komisi Pembangunan : Bpk. Palilingan dan Bpk. Wowor. Komisi Dana : Bpk.Drs Kakiailatu dan Bpk. Mawu. Rapat pertama dari panitia ini dilaksanakan dirumah kediaman Bpk. Joppy Pesik, Jl. Pemuda No. 100 Surabaya. Didalam rapat itulah muncul usulan dari Pdt. J.W.Porawouw agar jemaat "Tanjung Perak" dinamakan jemaat "Bahtera Hayat". Usul tersebut disetujui dan akhirnya mendapatkan persetujuan dari Majelis Sinode GPIB.

Melalui SK Majelis Sinode GPIB, tanggal 16 Oktober 1969 secara resmi GPIB Jemaat Bahtera Hayat Surabaya dilembagakan sebagai salah satu jemaat GPIB yang mandiri dengan batas-batas wilayah pelayanan sebagai berikut :

• Sebelah Utara berbatasan menuruti garis batas sepanjang pantai Surabaya/Selat Madura
• Sebelah Timur berbatasan dengan wilayah pelayanan GPIB jemaat "Galilea-Ujung", menuruti garis batas sepanjang Sungai Kalimas
• Sebelah Selatan berbatasan dengan batas wilayah pelayanan GPIB Jemaat "PNIEL", menuruti garis batas parit pembuangan, rel kereta api dan jalan raya Gresik
• Sebelah Barat berbatasan dengan Kabupaten Gresik, menuruti garis batas wilayah

Pembangunan gedung yang berada dilokasi depan rumah Kel. Paulus terhenti, walaupun kondisi fisik pembangunan gedung sudah mencapai 50%. Proses pembangunan terhenti sebab terjadi perbedaan pendapat antara sesama jemaat sebagai akibat adanya proses otonomisasi. Disamping itu lokasi tersebut akan digunakan juga oleh TNI-AL. Pada kondisi seperti ini, Bpk. Laksamana Soedomo yang pada saat itu menjabat KASAL, membantu mencarikan jalan keluar agar gedung gereja yang sudah dibangun 50% itu dipindahkan kelokasi baru dipinggir jalan Laksamana Natzir dan Jalan Teluk Tomini (pojok), dilokasi GSG "Bahtera Hayat" sekarang. TNI-AL memberikan ijin untuk menggunakan lahan tersebut dan memberikan bantuan biaya hingga pembangunan mencapai 50%. Pada medio 1972, selesailah pembangunan gedung gereja setelah mendapatkan bantuan dari pimpinan PT. Udatin, Bpk.Dr.F.H. Eman dan juga dari seorang donatur Bpk. Pdt. Ishak Lie. Peresmian penggunaannya oleh Ketua Majelis Sinode GPIB Pdt. D.R. Maitimu.

Pembangunan Bangunan Induk GPIB Bahtera Hayat

Hingga tahun 1972, tercatat jumlah warga jemaat mencapai k.l. 500 KK. Perkembangan ini mendorong majelis jemaat memikirkan pembangunan ruang ibadah yang dapat menampung warga jemaat. Majelis jemaat mengajukan permohonan untuk lokasi tanah yang ada disebelah kanan gedung gereja (GSG) saat itu kepada Pangdamar IV dan kepada Administrator Pelabuhan Tanjung Perak Surabaya. Permohonan Majelis Jemaat itu mendapat persetujuan dari Pangdamar IV melalui suratnya dengan No. B-296/04/2/80/Set tanggal 30 Desember 1975. Persetujuan dari Administrator Pelabuhan Tanjung Perak melalui suratnya dengan No. P.Sba.301/26/1 tanggal 2 September 1976 serta juga surat rekomendasi dari Walikotamadya Surabaya dengan suratnya No. 6606 B/27/76 tanggal 19 Oktober 1976. Adapun persetujuan ijin hak pakai dari Administrator Pelabuhan Tanjung Perak atas tanah seluas 2.951 m2 itu ,ditetapkan dengan persyaratan sebagai berikut :

1. Membayar hak pakai atas tanah sebesar : Rp.1.180,48 per tahun
2. Membayar biaya administrasi kontrak sebesar Rp. 5.000,-
3. Mentaati semua peraturan pelabuhan Tanjung Perak Surabaya yang berlaku

Untuk tujuan pembangunan gedung gereja yang lebih memadai itu, Majelis jemaat GPIB Jemaat "Bahtera Hayat" membentuk kembali Panitia Pembangunan baru yang diketuai oleh Kol. Laut J.H. Salu dan mendapat persetujuan Majelis Sinode GPIB No. 39/75/MS.XI/Kpts, tanggal 25 September 1975. Yang diperpanjang sampai dengan September 1977. Dalam melaksanakan pembangunan gedung gereja besar, panitia menunjuk pemborong PT. Solo Trading, Co yang segera melaksanakan tugasnya tanggal 20 Desember 1976, dengan pembangunan secara bertahap sebanyak 5 tahap, hingga selesai dengan baik pada 20 September 1977. Dengan selesainya pekerjaan pembangunan gedung gereja yang besar itu, peresmiannya pun segera dilakukan pada 15 Oktober 1977. Sebelum saat peresmian dilaksanakan, terjadi penggantian Ketua Majelis Jemaat dari Pdt. Molle yang menjadi Ketua Majelis Jemaat sejak medio 1975, digantikan oleh Pdt. W.K.D. Mengko B.Th. Pada saat peresmian, pembukaan papan nama dan penandatanganan prasasti oleh Gubernur, Kepala Daerah Propinsi Jawa Timur : Bpk. Soenandar Priyosoedarmo

Pengguntingan pita oleh Walikotamadya Surabaya Bpk. Soeparmo, Ibadah pentahbisan oleh oleh Ketua Majelis Sinode GPIB, Pdt. B. Simau, S,Th. serta Liturgi, oleh Ketua majelis Jemaat GPIB "Bahtera Hayat" Surabaya, Pdt. W.K.D. Mengko, B.Th.

Tongkat estafet pelayanan bagi kemuliaan Tuhan Yesus Kepala Gereja yang telah dipakai sebagai alat pemersatu dan pemimpin umat Tuhan, melayani di GPIB Jemaat "Bahtera Hayat" di Surabaya, mereka adalah :

#	Pendeta	Tahun
1	Pendeta J.W. Porawouw (Alm)	1969 - 1975
2	Pendeta A.R. Molle, S.Th	1965 - 1977
3	Pendeta W.K.D. Mengko, B.Th (Alm)	1977 - 1983
4	Pendeta Drs. M.I. Pingak	1983 - 1989
5	Pendeta S.A.E Epafras, S.Th (Alm)	1989 - 1991
6	Pendeta M.K Tumakaka, S.Th (Alm)	1991 - 1995
7	Pendeta M.E. Raintung, S.Th	1995 - 2000
8	Pendeta J.A. Lontoh, S.Th, M.Min	2000 - 2004
9	Pendeta W.G.M. Saerang, S.Th	2004 - 2008
10	Pendeta Job Makienggung, S.Th, M.Si	2008 - 2013
11	Pendeta Marianus Tupessy, S.Th	2013 - 2023
11	Pendeta Yohanis Duka Kadiwano, S.Si.Teol	2023 - Sekarang

Secara ringkas, sejarah pelembagaan GPIB Jemaat "Bahtera-Hayat" Surabaya tidak terlepas dari peristiwa-peristiwa antara lain :

1. Kegiatan awal oleh beberapa warga jemaat yang membentuk persekutuan jemaat di Tanjung Perak dengan memulai beribadah dirumah keluarga H.E. Tatencohan pada 7 Juli 1963.
2. Pelaksanaan otonomisasi bagian-bagian jemaat GPIB di Surabaya menjadi 7 jemaat GPIB yang berdiri sendiri, diantaranya adalah jemaat GPIB Tanjung Perak Surabaya.
3. Upaya mendirikan rumah ibadah sendiri dengan dipimpin oleh Pdt. J.W. Porawouw sehingga terbentuklah jemaat GPIB "Bahtera Hayat" yang pelembagaannya melalui SK Majelis Sinode tanggal 16 Oktober 1969. Nama "Bahtera Hayat" diusulkan oleh Pdt Porawouw untuk menggantikan nama jemaat GPIB "Tanjung Perak".
4. Adanya perkembangan yang pesat dari jumlah warga jemaat, yaitu dari k.l. 150 Kepala Keluarga pada saat pelembagaan menjadi k.l. 500 Kepala Keluarga pada tahun 1974, mendorong jemaat untuk membangun rumah ibadah yang memadai seperti yang ada sekarang ini dan peresmiannya dilaksanakan pada 15 Oktober 1977. Dalam perkembangan selanjutnya jumlah Kepala keluarga ini sampai sejarah singkat ini ditulis berkurang sejalan dengan pembangunan di pelabuhan Tanjung Perak. Banyak keluarga yang berpindah keperumahan dipinggir kota Surabaya.

Demikianlah catatan tentang sejarah singkat berdirinya GPIB Jemaat "Bahtera Hayat" Surabaya dan sekarang ini telah menjadi dewasa sama halnya dengan jemaat-jemaat lainnya seiring dengan pertumbuhan dan pembangunan GPIB secara keseluruhan menuju gereja yang misioner. Tuhan memberkati.